Kegiatan ekstrakurikuler dipraktekkan dalam Organisasi Pelajar Pondok Modern (OPPM) dengan rutin dan terorganisir dan di bawah bimbingan Guru TMI Pondok Modern al-Istiqomah. Beberapa Kegiatan Ekstrakurikuler yang di lakukan segenap para santri ini meiputi kegiatan-kegiatan sebagai berikut:
- Organisasi Pelajar Pondok Modern (OPPM)
- Gerakan Pramuka Gugus Depan Pondok Modern A-Istiqomah (Koordinator)
- Pendidikan Olah Raga : Sepak Bola, Volley Ball, Basket Ball, Tenis Meja, Bulu Tangkis, Takraw, Futsal, Senam Lantai, dan lain lain.
- Penerbitan (Majalah Dinding, Bulletin Pondok)
- Pendidikan Kesenian : Letter, Kaligrafi, Teater Seni Santri Islam, Nasyid, Qosidah, Marawis, dan Silat (Tapak Suci)
- Pendidikan Keterampilan : Komputer, Merangkai Bunga, Merangkai Janur, Tata Boga, Bercocok Tanam.
- Latihan Orasi (Muhadharah) 3 bahasa : Arab, Inggris dan Indonesia.
- Latihan Percakapan (Muhadatsah) 2 bahasa : Arab dan Inggris
- Work Shop : Manajemen, Jurnalistik, Koperasi, Karya Ilmiah, Latihan Dasar Kepemimpinan (LDK), dan Seminar Mudzakarah
